Opisición al gobierno

Luego de que Guzmán Blanco le cediera la presidencia a uno de sus tenientes más allegados, Francisco Linares Alcántara, y que se fuera a Europa, este lo traiciona y propicia un movimiento anti-guzmancista en el que se dieron acciones violentas, como la demolición de todas las estatuas de Guzmán Blanco. También se derogaron todos los decretos promulgados por el expresidente.
Posteriormente hubo alzamientos por parte de los estudiantes, durante la primera presidencia de crespo. Las protestas tenían su origen en ciertas medidas educativas que afectaban a las Universidades aprobadas por Guzmán Blanco. Estos disturbios fueron controlados por Crespo con cárcel y la clausura de la Universidad.
A partir de su tercer período, el bienio o “Aclamación” hubo más alzamientos, ocasionados debido a que durante este período no se respetaron los derechos humanos, hubo confiscaciones, contribuciones forzosas y otras medidas que ocasionaban descontento; y sobre todo estuvo lleno de corrupción administrativa y peculado. Los alzamientos también se dieron por parte de caudillos regionales, los cuales fueron sometidos poco a poco.
Pero esto no fue todo. Mientras gobernaba tuvo que luchar contra un movimiento de desacuerdo por parte del general Matías Salazar, y en 1874 contra la oposición armada de varios de sus allegados (José Ignacio Pulido y León Colina